연말정산 자주 묻는 질문 FAQ

2025년 귀속 flex 연말정산 서비스는 언제 오픈하나요?

25년 귀속 flex 연말정산 오픈 일정은 하단 표를 확인해주세요.
하단 일정은 25일 급여일 예시이므로 회사의 급여일에 맞게 일정 진행하면 돼요.

연말정산 자료 제출 마감 기한을 놓쳤는데, 기간 연장이 가능한가요?

네, 가능합니다. 해당 부분은 사내 연말정산 관리자분께서 다시 열어주실 수 있으므로, 사내 관리자분께 문의하여주시기 바랍니다.

연말정산 결과를 확인하고 싶은데, 어떻게 확인할 수 있나요?

구성원
- 관리자분이 설정한 연말정산 최종 결과 확인기간에, 연말정산 결과가 결과 확정 된 경우 홈피드 - 해야할 일에서 [연말정산 최종세액결과 확인하기] 를 클릭해 확인할 수 있어요.
관리자
- 구성원의 연말정산 결과를 확인하고 싶은 경우, 연말정산 메뉴에서 결과를 조회하고 싶은 구성원 클릭, [최종 세액 결과] 단계에서 확인할 수 있어요.
- 또는, 연말정산 메뉴에서 연말정산 대상자 목록 좌측 체크박스 클릭 → 하단 [다운로드] 버튼을 클릭해 원천징수영수증 등을 다운로드 받아 확인할 수 있어요.

제출 완료 후 내용을 수정하고 싶은데, 어떻게 해야 하나요?

사내 연말정산 관리자분에게 연말정산 상태를 ‘진행중’으로 변경해달라 요청하신 뒤 이어서 연말정산 내용 수정 및 반영해주시면 됩니다.

관리자인데, 구성원에게 연말정산 공지는 어떻게 하나요? 참고할만한 양식이 있나요?

공지사항 작성 시 참고해주시고, 회사 운영에 맞춰 날짜 등 필요시 변경하여 사용해주세요. 감사합니다.

외부(세무법인/타 회계프로그램)에서 정산한 결과를 flex 급여에 어떻게 반영하나요?

플렉스 급여정산에서 분납 건을 업로드 하여 반영하실 수 있습니다! 자세한 건 아래 내용을 참고해주세요.
템플릿 다운로드 위치
- 급여정산 > 연말정산 분납 > 엑셀로 입력 > 엑셀 다운로드
템플릿 입력 안내
추가/수정/삭제
- 기존에 flex에 분납정보를 입력한 적 없는 경우, 추가 입력
- 기존에 분납정보가 있는데 수정하고 싶은 경우, 수정 입력
사번
- flex에 등록된 사번과 동일하게 입력
이름, 상태, 납부상태, 연말정산 차감징수세액 (소득세/지방소득세/농어촌특별세, 분납신청횟수)
- 확인 용도로 사용되는 읽기 전용 정보이므로 공란으로 두어도 됩니다.
1, 2, 3회차 (2, 3, 4월 귀속)
- 여기에 입력된 숫자가 해당 귀속월 급여정산 시 원천세 항목의 연말정산 차감징수세액 열에 반영됩니다.
- (회차별) 반영
  - 종류: 미완료, 완료
  - 아직 정산되지 않은 금액은 미완료 입력
  - flex 정산 외 다른 곳에서 이미 반영한 금액은 완료 입력
    (flex에서 정산하게 되면 자동으로 ‘완료’로 상태가 업데이트됩니다.)
  (회차별) 소득세, 지방소득세, 농어촌특별세
  - 분납신청횟수에 맞게 해당 귀속월 급여정산 때 분납할 금액을 입력
  - 만약 분납금이 동일하게 떨어지지 않는 경우에는 첫 분납월에 가장 큰 금액을 입력해주세요. 예) 연말정산 소득세 -200,000원 3회 분납인 경우, 2월분 소득세 -66,680원 3월분 소득세 -66,660원 4월분 소득세 -66,660원
  - 업로드 후 연말정산 차감징수세액에 분납금 합계와 분납횟수가 제대로 들어갔는지 반드시 확인해주세요.

국세청 간소화자료(PDF)가 '미검증 파일' 오류가 뜨면서 업로드되지 않습니다. 어떻게 해결하나요?

미검증파일은 국세청에서 확인되지 않는 파일로 유의미한 /효력이 있는 파일이 아니기에 업로드 되지 않습니다.
홈택스 자료실에서 진본검증 검색하여 나오는 프로그램으로 PDF 다운로드 후 업로드를 부탁드립니다.
관련사항 국세청 메인홈페이지에 상세한 안내 확인가능합니다.

중도입사자인데, 간소화자료를 '전체 월'로 받아서 올려도 되나요, 아니면 '월별 상세'로 올려야 하나요?

중도입사자 분의 경우, 홈택스에서 ‘월별 상세’를 선택하시고 금액이 있는 항목 별로 다운로드 받아주셔야 합니다.

부양가족(배우자, 자녀 등) 정보를 등록하고 간소화 자료를 올렸는데, 해당 가족의 의료비/보험료 등이 반영되지 않습니다.

인적공제정보에 등록된 가족의 주민등록번호와 간소화 파일에 있는 주민등록번호가 일치한지 확인해주세요.
부양가족으로 정보 등록 후 간소화 파일 업로드를 해야하는데, 간소화 파일을 업로 드 후 부양가족을 등록한 경우 반영되지 않을 수 있습니다. 간소화 파일을 삭제 후 다시 한번 업로드한 후 반영여부를 확인해주세요.

종전 근무지 원천징수영수증을 입력할 때, 어떤 항목(결정세액, 차감징수세액 등)을 입력해야 하나요? 상여금이 마이너스(-)인 경우는 어떻게 입력하나요?

종전 근무지 원천징수 영수증에서 73번 결정세액을 입력합니다.
원천징수영수증 16번 계 금액을 급여에 반영 후, (-)마이너스 상여금은 0원으로 하여 반영합니다. 마이너스 금액은 신고할 수 없습니다.

신규 세액공제(결혼, 출산 등)는 어느 메뉴에서 신청할 수 있나요?

본인 인적 공제 정보 입력 시 혼인신고 여부에서 [해당]을 선택하여 진행 가능합니다.
자녀 인적 공제 정보 입력 시 기본공제 대상자 적용 설정 ON → 2024 출생*입양 신고 대상 설정 ON하여 진행할 수 있습니다.

flex에서 연말정산 확정한 결과를 2월 급여에 어떻게 반영하나요? 자동으로 되나요?

연말정산 결과 확정 시 급여정산 → 연말정산 분납 화면에서 분납 금액을 확인할 수 있습니다.
- 연말정산 결과, 추가 납부할 세금이 10만 원 이상이라면 최대 3회까지 구성원이 직접 분납 신청을 할 수 있어요.
- 별도 분납 설정을 진행하지 않을 경우, [분납 안함]으로 자동 설정되어 2월 급여 정산 시 일시납으로 환수돼요.
- 관리자는 [연말정산 분납] 탭에서 구성원이 설정한 분납 횟수를 확인할 수 있어요.
- 분납 금액 및 분할 내용을 수정하고자 하는 경우 엑셀 업로드를 통해 수정 가능합니다.
- 분납 된 사항을 확인 후 급여정산을 진행하면, 자동으로 공제 → 원천세 부분에 반영된 것을 확인할 수 있습니다.

특정 급여(ex. 인센티브) 정산 시, 연말정산 분납금액을 제외하고 싶은데 어떻게 해야 하나요?

연말정산 분납금은 해당 귀속월 급여정산이 진행되면 더이상 반영되지 않습니다.
급여정산 전 특정 급여(ex. 인센티브) 정산을 진행하게 된다면 연말정산 분납금이 포함될 수 있는데요.
이러한 경우 연말정산 분납 페이지를 활용하여 반영되지 않도록 설정 후 특정 급여정산을 완료 → 연말정산 분납 페이지를 재 수정하여 이후 급여정산에서 반영할 수 있습니다.
- 급여정산 → 연말정산 분납 → 엑셀로 입력 선택해주세요.
- 엑셀 템플릿을 다운로드 받은 후 반영되면 안되는 귀속월의 반영 여부 칸(J열, N열, R열)에 미완료 → 완료 로 변경하여 업로드해주세요.
- 업로드가 완료된 후 특정 급여(ex. 인센티브) 정산을 진행 해주세요.
- 급여정산 진행 시 [공제] - 원천세에서 연말정산 차감징수세액이 반영되지 않은 것을 확인할 수 있습니다.
- 특정 급여(ex. 인센티브) 정산을 완료한 다음, 급여에 대한 급여정산이 진행되어야 할 때 반영되어야 한다면, 급여정산 → 연말정산 분납 → 엑셀로 입력 선택하여 값을 바꾼 후 급여정산 진행해 주세요.

연말정산 분납 금액을 수정/삭제하고 싶습니다. 어떻게 하나요?

연말정산을 완료하면, 연말정산 분납금을 급여정산 시 자동 반영할 수 있도록 [연말정산 분납]에 반영합니다. 수정 또한 해당 메뉴를 이용하여 수정 후 급여정산 시 반영할 수 있습니다.
- 급여정산 → 연말정산 분납 → 엑셀로 입력 선택해주세요.
- 엑셀 파일을 작성 시 J열의 값부터 수정이 가능하며,
  예시인 1행~11행은 삭제해선 안됩니다. 12행부터 작성할 수 있으니 엑셀 템플릿 작성 시 참고해주세요.

연말정산 신고 파일(근로소득지급명세서 등)은 어떻게 다운로드 받나요? 어떤 파일을 홈택스에 신고해야 하나요? (C파일, CA파일)

연말정산 파일 다운로드 받는 방법 안내해 드립니다.
- 좌측 연말정산 → 연말정산 현황 탭 → 우측 신고파일 버튼 클릭
- 2025년도 중도퇴사자의 확정된 정산내역을 반드시 포함해야 합니다.
- 2025년 연말정산 대상자의 결과 확정된 내역만 포함됩니다.
모든 정산이 완료된 후 신고파일 생성하기를 진행해주세요.
신고파일은 총 두가지로 생성됩니다.
- 근로소득 : C로 시작하는 파일명
- 의료비 : CA로 시작하는 파일명
두가지 파일로 신고해주시면 됩니다.

flex에서 다운로드한 신고 파일에 중도퇴사자가 누락된 것 같습니다. 어떻게 확인하고 수정하나요?

먼저, 해당 중도퇴사자에 대해 중도정산이 완료된 상태인지 확인해주세요.
그 다음, 연말정산 → 중도정산 → 대상자별 현황 화면에서 해당 구성원의 신고서 포함 여부가 ‘제외’로 설정되어 있는지 확인합니다.
만약 ‘제외’로 되어 있다면 ‘포함’으로 변경한 뒤, 중도정산 상태가 ‘완료’로 표시될 수 있도록 마무리 작업을 진행해주세요.
모든 설정이 완료되면, 다시 한 번 신고 파일을 다운로드하여 결과를 확인 부탁드립니다.

flex에서 생성한 파일을 더존(SmartA) 등 다른 회계 프로그램에 업로드할 수 있나요?

안타깝게도, 연말정산 완료 후 생성되는 근로소득 및 의료비 지급명세서 신고파일은 더존 등 다른 프로그램에서 확인이 어렵습니다.

12월 31일자 퇴사자의 연말정산은 회사에서 어떻게 처리해야 하나요?

12월 31일 퇴사자는 재직자와 동일하게 계속 근로자로 보고 회사에서 연말정산 진행이 가능합니다.
12월 급여 정산시 중도 정산을 진행하지 않고 연말정산을 진행해주시면 됩니다.
단, 퇴직자는 플렉스에 접속이 불가하기 때문에 관리자분이 퇴사자분에게 연말정산 관련 서류를 받고, 대신 연말정산을 진행해주셔야합니다.
기본공제(인적공제에 본인만 기입)만 등록하여 연말정산을 빠르게 마무리 하시고 5월에 종합소득세 신고를 구성원이 직접 처리하는 방법을 추천합니다.
만약, 연말정산을 하지 않으시는 경우라면 12월 급여정산시 중도정산을 함께 진행하시고 구성원이 별도로 5월 종합소득세 신고를 진행해주시면 됩니다.

연말정산 기간 중(1월) 퇴사하는 직원의 정산 및 환급/납부액 처리는 어떻게 하나요?

연말정산 기간 중 퇴사했거나 퇴사 예정인 구성원이 있다면, 해당 구성원의 연말정산을 먼저 모두 완료해주세요.
이후 1월 급여 정산 시 공제항목 단계(연말정산 - 소득세/지방소득세)에서 연말정산 결과를 반영하시면 됩니다.
- 환급 금액이 발생한 경우: 해당 금액을 음수(–) 로 입력
- 추가 납부(환수)가 필요한 경우: 해당 금액을 양수(+) 로 입력

flex 외에 다른 곳에서 정산한 급여 데이터를 가지고 연말정산을 진행할 수 있나요?

가능합니다. 단, flex에서는 2025년 급여 데이터가 없는 상태이기에 급여정산 이관 파일을 통해 2025년 급여 데이터를 모두 이관해주셔야 해당 데이터를 바탕으로 연말정산을 진행할 수 있습니다.

flex에서 완료한 연말정산 결과가 홈택스와 바로 연동이 될까요?

직접 연동이 아닌, 신고 파일을 생성하여 신고하는 방식으로 제공합니다. 연말정산 완료 후, 우측 상단 [신고파일] 버튼을 클릭해 근로소득 및 의료비 지급명세서 신고파일을 다운로드 받아 해당 파일로 홈택스에 신고해주세요.

휴직자의 연말정산은 어떻게 진행하나요?

휴직중인 구성원 경우, 플렉스에 접속해 연말정산을 진행해야합니다. 좌측 메뉴 하단 설정 - 로그인 설정 - 휴직자 로그인 허용을 활성화 한 뒤 휴직중인 구성원들이 플렉스에 접속해 연말정산을 진행할 수 있도록 별도 안내를 부탁드립니다.

중도 퇴직한 구성원도 연말정산 대상자인가요?

중도 퇴사한 구성원은 연말정산 대상에 포함되지 않습니다.
연말정산 대상자는 현재 근무 중인 구성원이며, 중도 퇴사자는 이미 퇴직 시점에 중도정산을 진행하셨기 때문에 2025년 귀속 연말정산을 다시 진행하실 필요가 없습니다.
다만, 퇴직한 구성원에게는 중도정산 결과인 근로소득원천징수영수증을 전달해 주세요.
해당 서류는 구성원이 내년 종합소득세 신고 또는 이후 근무지에서 연말정산을 진행할 때 필요합니다.

구성원이 등록되어 있는데, 연말정산 대상자에 뜨지 않습니다.

사번과 주민등록 번호가 입력되어 있지 않을 수 있습니다.
구성원 프로필 - 기본정보 탭에서 사번과 주민등록번호가 입력되어있는 확인해주세요.
또한, 입사일이 2026년 1월 1일 전이고, 2025년에 중도퇴사하지 않은 구성원만 연말정산 대상자로 추가할 수 있어요.

특정 구성원들의 연간소득 정보가 0원으로 나옵니다.

급여정보를 수동으로 이관하셨다면 연간소득자료 업데이트를 눌러주세요. 금액을 자동으로 생성됩니다.
또는 연간소득관리에서 구성원 데이터를 수정하셨던 적이 있다면 이때 날짜와 소득 정보가 누락되었을 수도 있습니다.
구성원들의 급여정보가 제대로 입력되어 있는지 확인해 주시고, 만약 그렇다면 확정 취소 → 연간소득자료 업데이트를 클릭해 주세요.

소득세 감면에서 감면대상소득이 0원으로 나옵니다.

감면대상소득은 flex 내의 구성원 특이사항 정보에 감면정보가 기입되어 있고 매월 급여정산을 하셨다면 자동으로 반영됩니다. 자동으로 반영되지 않았거나 0원인 경우, 연말정산 → 연간소득 관리에서 어떤 수정이 있었을 수 있습니다.
이 경우 오계산을 방지하기 위해 0원으로 변경될 수 있으며, 연간소득 관리에서 특정 구성원의 감면대상소득이 입력되어있는지 확인해 보시는 게 좋습니다.
금액이 0원으로 되어 있다면 연간소득 확정을 풀어주시고 금액을 입력 후에 다시 확정해 주시면 됩니다.
그 후 반드시 연말정산 다시 검토하여 완료해주세요.

특이사항에 소득세 감면 90% 적용 구성원이 있는데 연말정산 시에만 적용되게 하려면 어떻게 하나요?

관리자가 설정하실 수 있으며, 급여정산 > 정산템플릿 목록 > 급여정산 하시는 해당 템플릿 클릭 > 공제항목 > 원천세 설정 > 정산 시 중소기업 취업자 소득세 감면 적용 여부 “적용안 함”으로 선택 되어 있으면 평소 급여에서는 90%적용되지 않고 연말정산에만 적용됩니다.
단, 해당 구성원의 프로필 특이사항 > 소득세 감면 > T13 중소기업 취업자 소득세 감면(90%)를 미리 적용해 두셔야 합니다. (기간 설정)

이월 기부금은 연말정산에 어떻게 반영하나요?

25년 귀속 연말정산을 flex에서 진행하여 이월 기부금이 있다면, 관리자가 구성원 연말정산 오픈 전에 이월 기부금을 생성하면 자동으로 이월 기부금이 반영됩니다.
만약, 25년 귀속 연말정산을 flex에서 하지 않았고, 추가로 반영해야한다면, 기부금을 추가하여 반영할 수 있습니다.

내 프로필에 가족정보와 함께 주민등록등본 및 가족 관계증명서 등 가족 문서를 추가했는데, 연말정산시 또 업로드해야하나요?

내 프로필 가장 하단 가족 정보(배우자, 부양자 등)를 입력한 경우 인적공제 정보는 연말정산시 자동으로 입력되나, 관련 증명서류는 자동으로 입력되지 않아요. 따라서 연말정산시 주민등록등본 및 가족관계증명서를 업로드해주세요.

최종 세액 결과내 특별소득공제에서 특정 구간 소득 공제액이 모두 0원으로 확인돼요.

특별 소득 공제액에서 보험료 및 주택 관련 상환액의 공제 한도가 찼을 경우, 그 이후부터는 더 이상 공제할게 없어 소득공제금액이 0원으로 확인될 수 있어요.